尽管只有大约10％-20％的寄生虫感染者生病，但这些人可能会产生以下症状和体征：

·早期症状（约1-4周）包括大便稀疏和轻度腹部绞痛

·如果疾病进展，可能会出现频繁，水样和/或带血的大便，严重的腹部绞痛（称为阿米巴痢疾）。

·如果滋养体到达小肠壁并通过小肠壁，则肝感染的症状（如肝压痛和发烧）是肝脓肿形成（肝阿米巴病）的最初症状。

·其他器官（例如心，肺，脑）可能会产生该器官特有的症状，并导致严重的疾病和/或死亡。

·腹部压痛和/或胃痛

·里急后重

·肠胃胀气

·食欲不振

·消瘦

·疲劳

·贫血

·偶尔引起皮肤病变（皮肤阿米巴病）

大多数感染者，约90%是无症状的，但这种疾病有可能变得严重。据估计，全球每年约有4万至10万人死于阿米巴病。

如果没有治疗，感染有时会持续数年。症状需要几天到几周的时间来发展和显现，但通常是两到四周。症状包括轻度腹泻、带血痢疾，以及剧烈腹痛。血液来源于阿米巴侵入结肠壁造成的出血性损伤。在大约10%的侵袭性病例中，变形虫进入血液，并可能进入身体的其他器官。最常见的是肝脏，因为这是肠血最先到达的地方，但它们几乎可以在身体的任何地方结束。

发病时间多变，平均无症状感染持续一年以上。理论上，无症状或症状强度可能因变形虫菌株、宿主的免疫反应以及可能与之相关的细菌和病毒等因素而变化。

在无症状感染中，变形虫靠吃和消化肠道（胃肠道的一部分）中的细菌和食物颗粒而生存。由于肠道内的黏液保护层，变形虫通常不会与肠道本身接触。当阿米巴与肠壁细胞接触时，就会发生疾病。然后，它会分泌与消化细菌相同的物质，包括破坏细胞膜和蛋白质的酶。这一过程会导致人体组织的渗透和消化，首先导致肠内的烧瓶状溃疡。溶组织内阿米巴通过吞噬作用摄取被破坏的细胞，在粪便样本中常可见红细胞（一种被称为红细胞吞噬的过程）。由于长期的免疫细胞反应，肉芽肿团（称为阿米巴瘤）可能在升结肠或直肠壁形成，有时与癌症混淆。

吞食一个活的囊肿可能会引起感染。

类固醇治疗可导致无症状或有症状的组织溶解性大肠杆菌感染者的严重阿米巴结肠炎。严重阿米巴结肠炎与高死亡率相关，平均超过50%的严重结肠炎死亡。